مهاجرت از دارالعلم تهران به قم در سال ۱۳۴۲ هجری شمسی به قصد اقامت در قم ، تهران را ترک گفته و پس از ورود به قم، آغاز به تدریس معارف حوزوی و فنون ریاضی نمود. 

بارقه ای الهی  

نکته ای که در دوران تحصیل و پس از آن در سیره و شیوه زندگی ایشان مشاهده می گردد، توجه به لطف خداوند، توکل و استعانت  از فضل پروردگار است. خودش می نویسد: در سن چهارده سالگی به فضل پروردگارم بارقه مشرقیه الهیه و شهاب قبسی به من رسید که به اقتضای عین ثابته ام مطلوب من بود، این بارقه همانند نوری پیش رویم شتافته، مرا به کسب معارف الهی راهنمایی و به تخلّق به اخلاق ربوبی ترغیب و به تأدّب به آداب انسانی تحریض می کرد و مرا به فرار و انزجار از آیین های تباه و پست تحریص می نمود. ایشان متذکّر می گردد: زمانی شبهات گوناگون بر من روی می آورد و از تطبیق مسایل عرفانی عاجز مانده بودم و از کثرت فکرت به فرسودگی مبتلا گشته بودم ولکن در درس ها حاضر می شدم و از خویش ابراز نمی کردم، تنها چیزی که مرا از این ورطه هولناک هلاک رهایی بخشید لطف خدا بود، سرانجام بارقه های الهی چون نجم ثابت بر آسمان دل طارق آمد و در پناه ربّ ناس از وسواس خنّاس نجات یافتم. 

 اشتیاق به آموختن

علامه حسن زاده از همان آغاز فراگیری تا رسیدن به مراحل عالی علمی و معرفتی نوعی شور، شوق، اشتیاق و علاقه وافر را در خود به شکوفایی رسانیده بود. استاد حسن رمضانی از مشاهیر شاگردان علامه حسن زاده می‌نویسد: به خاطر همین عشق پیوسته و لازمی که حضرت استاد نسبت به علم داشته است همواره تحت هر شرایطی که بوده است در مسیر کسب آن از بذل هیچ گونه کوششی و تلاشی دریغ نکرده است تا پایه ای در راه طلب دانش مجاهده کرده که اگر بخواهیم عینیت جامعیت حوزه های علمیه قدیم و اصیل عالم اسلام را که در تمام علوم و فنون رایج زمان خویش صاحب نظر بوده اند، مشاهده کنیم بدون اغراق باید به سراغ ایشان برویم. خود علامه در این باره می گوید:   

منم آن تشنه دانش که گر دانش شود آتش /  مرا اندر دل آتش همی باشد نشیمنها 

 اهتمام و جدیت

یکی از خصالی که در زندگی علمی و آموزشی علامه حسن زاده مشاهده می گردد و آثار متعددش در  عرصه های گوناگون و نیز اعتراف استادانش مؤیّد آن است، همّت بلند، کوشش مداوم و تحمّل مشقات در این مسیر  می باشد، مرحوم شعرانی در اجازه روایی که برای علامه حسن زاده صادر نموده، یادآور شده است: بیست سال بلکه بیشتر او را آزمودم و امتحان نمودم. در این مدت در او چیزی جز جد و اجتهاد ندیدم.

او را به حق می توان استوانه ای از تلاش و همت در راه تحصیل و کسب فنون و علوم مختلف دانست، استاد حسن زاده متذکر می گردد: روزی مرحوم ناصح به این کمترین گفت که در جلسه ای که استاد شعرانی تشریف داشت به مناسبتی سخن از دانش، پژوهش و درس خواندن و اهتمام به تحصیل به میان آمد استاد شما را ضرب المثل قرار داد و به حضّار گفت: درس خواندن را از فلانی یاد بگیرید.

این علامه ذوفنون عقیده دارد شاگرد باید تا حدودی قوانین حساب و هندسه را فرا گیرد زیرا اینها در تعدیل و تقویم ذهن، فکر و قلم و بیان تأثیری بسزا دارد. خود به این شیوه ملتزم بود: اکثر کتابهایی را که می خواندم، مباحثه نیز می کردم، کفایه را یک ساعت به اذان صبح مانده، اسفار یا مکاسب یا جواهر را پیش از صبح (بین الطلوعین) و اشارات را ساعت یک بعدازظهر مباحثه می کردیم. 

 قدردان استادان

علامه حسن زاده آملی بر این باور بوده و هست که برای فراگیری مبانی و مفاهیم علوم و رسیدن به تبحّر لازم در معارف دینی و علمی مراجعه به استاد دانشور و متخصص هر فن و دانشی لازم می باشد ایشان می گوید: برای طالب کمال، استاد کامل خیلی دخیل است، آن مفاتیحی که از استاد عائد شاگرد می شوند، آن کُدهایی که از استاد استفاده می‌کردند، آن اصول و امّهاتی که از استاد به دست می آیند اهمیت بسزا دارند.

علامه حسن زاده آملی بر این باور بوده و هست که برای فراگیری مبانی و مفاهیم علوم و رسیدن به تبحّر لازم در معارف دینی و علمی مراجعه به استاد دانشور و متخصص هر فن و دانشی لازم می باشد ایشان می گوید: برای طالب کمال، استاد کامل خیلی دخیل است، آن مفاتیحی که از استاد عائد شاگرد می شوند، آن کُدهایی که از استاد استفاده می‌کردند، آن اصول و امّهاتی که از استاد به دست می آیند اهمیت بسزا دارند.از نکته های دیگر این که ایشان در برخورد با اساتید روشی توأم با ادب و احترام و قدردانی را بروز می داد، شبی مرحوم الهی قمشه ای به ایشان گفته بود: شما خیر می بینید، پرسیده بود از چه جهت، وی پاسخ داده بود: شما را نسبت به اساتید بسیار مؤدّب می بینم، استاد حسن زاده پس از نقل این موضوع می‌گویند: آری من هیچ گاه نزد اساتیدم یک زانو یا چهارزانو ننشستم و به دیوار تکیه نمی دادم و خیلی با ادب و احترام می پرسیدم و در حضور و غیابشان وظیفه شاگردی را بیش از حدّ وظیفه پدر و فرزندی مراعات می نمودم.

در جایی پس از ذکر نام آن ستارگان معرفت می گوید: به خدا سوگند قلم و زبان به ادای شکر معشار نیکی هایی که این مشایخ  عظام در حق ما نموده اند وافی نیست اگرچه علّه العلل ربّ العالمین است.شاگردان و آشنایان از فروتنی زایدالوصف استاد خویش درشگفتند، وقتی در منزل به دیدنش می روند، خود شخصاً به پذیرایی از آنان می پردازد و به هنگام خداحافظی با پای برهنه آنان را بدرقه می کنند، این شگفتی مراجعین را به شیفتگی و اشتیاق وا می دارد یکی از شاگردانش می گوید پس از این ملاقات ها ارادات قلبی خود را نسبت به ایشان احساس کردم و به تدریج ارادت قلبی من به شیفتگی انجامید. 

توصیه‏هایى از علامه حسن‏زاده آملى 

دهان روح و تن

انسان دو دهان دارد: یکى گوش که دهان روح او است و دیگر دهان که دهان تن او است. این دو دهان خیلى محترم‏اند. انسان باید خیلى مواظب آن‏ها باشد. یعنى باید صادرات و واردات این دهنها را خیلى مراقب باشد. آن‏هایى‏که هرزه خوراک مى‏شوند، هرزه کار مى‏گردند. کسانى که هرزه شنو مى‏شوند، هرزه گو مى‏گردند.

وقتى واردات انسان هرزه شد، صادرات او هم هرزه و پلید و کثیف مى‏شود. یعنى قلم او هرزه و نوشته‏هایش زهرآگین خواهد داشت. حضرت وصى، امیرالمؤمنین، علیه السلام فرمود: عمل نبات است و هیچ نبات از آب بى‏نیاز نیست و آب‏ها گوناگون‏اند. هر آبى که پاک است، آن نبات هم پاک و میوه‏اش شیرین خواهد بود; و هر آبى که پلید است، آن نبات هم پلید و میوه او تلخ است.

خود عمل، حاکى است که از چه آبى روییده شده است.

وقت اندک و کار بسیار 

بدان که باید تخم و ریشه سعادت را در این نشأ، در مزرعه دلت‏بکارى و غرس کنى. این‏جا را دریاب، این‏جا جاى تجارت و کسب و کار است; و وقت هم خیلى کم است. وقت‏خیلى کم است و ابد در پیش داریم. این جمله را از امیرالمؤمنین علیه السلام عرض کنم، فرمود: «ردوهم ورود الهیم العطاش‏» ; یعنى شتران تشنه را مى‏بینید که وقتى چشمشان به نهر آب افتاد چگونه مى‏کوشند و مى‏شتابند و از یکدیگر سبقت مى‏گیرند که خودشان را به نهر آب برسانند، شما هم با قرآن و عترت پیغمبر و جوامع روایى که گنج‏هاى رحمان‏اند این چنین باشید. بیایید به سوى این منبع آب حیات که قرآن و عترت است. وقت‏خیلى کم است و ما خیلى کار داریم. امروز و فردا نکنید. امام صادق علیه السلام فرمود: «اگر پرده برداشته شود و شما آن سوى را ببینید، خواهید دید اکثر مردم به علت تسویف، به کیفر اعمال بد این‏جاى خودشان مبتلا شده‏اند .» تسویف یعنى سوف سوف کردن، یعنى امروز و فردا کردن، بهار و تابستان کردن، امسال و سال دیگر کردن.  وقت نیست، و باید به جد بکوشیم تا خودمان را درست‏بسازیم. 

در عرصه پژوهش

معنی واقعی عشق به علوم و معارف و کتاب و تحقیق در آثار وجودیشان از قبیل تدریس و تصنیف مشاهده می شد.

موارد ذیل در تلاش های پژوهشی و کارهای تحقیقاتی علامه حسن زاده قابل مشاهده است:

۱ـ تکیه بر قواعد برهانی و عقلی: در پژوهش های کلامی در اقتفا به شیخ مفید و شیخ طوسی بر قواعد برهانی و عقلی تکیه دارد. اگر روایتی قطعی الصدور نباشد آن را کنار می نهاد و صرفاً امور معتبر، موثق و استوار را قبول می کرد.

۲ـ اجتناب از تکیه بر عرف و سخن عوام در تحقیق: علامه حسن زاده تأکید می نماید: سعی کردیم از مسایل خطابی، عرفی و استحسانی برکنار بوده باشیم چرا که عقیده، عَقد است، دل بستن است، دل دادن است و همه این همه به برهان نیاز دارد و به استحسان و امثال آن کار درست نمی شود. این که بیائیم و بگوئیم چون بروج آسمانی دوازده تاست پس باید تعداد ائمه دین نیز به همین میزان باشد، عقیده استوار نمی گردد.

۳ـ حقیقت طلبی در پژوهش: در برابر عدّه ای که تلاش تحقیقی را همچون کارهای بازاریان می دانند ومی گویند  باید محقق بر اساس کسادی و رونقی متاعی تصمیم بگیرد، علامه حسن زاده صرفاً به حقایق توجه دارد و حاضر نیست این حقیقت طلبی را با چیز دیگری معاوضه نماید،در هر شرایطی برای کشف حقایق اهتمام می ورزد و درهایی را به روی علاقه مندان می گشاید، در واقع بدون هیچ قید و شرطی در جستجوی حقیقت است.

۴ـ برداشت کم و بازده زیاد: مشی علمی علامه حسن زاده بدین گونه است که به رغم برخورداری از تسهیلات اندک، کارهای مهمی به جامعه عرضه نموده است. ایشان در تهران به دلیل مشکلات مالی، همسر و فرزندان را به شهرستان می برد و در یک اتاق کوچک و ساده به کار علمی و تحقیقی می پرداخت. اتاقی که یک چراغ خوراک پزی داشت که هم آن را در زمستان گرم می کرد و هم برای طبخ غذا از آن استفاده می شد! او با این روش به علاقه مندان ثابت نمود می توان کارهای بزرگ را حتی با امکانات ناچیز انجام داد. این باور کلید توفیق نسل دانش طلب امروز ایران است.

۵ ـ دفاع از قرآن و عترت در برابر مخالفان: کوشش علامه حسن زاده در تألیف آثار بر این است که از حقایق قرآنی دفاع کند و از اهل بیت و سیره و سخن آنان صیانت نماید. جرجی زیدان عیسوی مذهب گفته بود، نمی توان مطالب موجود در نهج البلاغه را به حضرت علی(ع) منسوب دانست و سید رضی و سید مرتضی که هر دو ادیب بودند این مطالب را نوشتند و برای ترویج کتاب خود، آن را به امام اول شیعیان نسبت دادند علامه حسن زاده از این ادعا به شدت ناراحت گردید و بر آن شد تا مصادر و مأخذ خطب و رسایل حضرت علی(ع) را که قبل از سید رضی سالیان متمادی در دست مردم بود، فراهم آورد و ذکر کند تا جایی برای توهم و تردیدهایی این گونه نباشد. تکمله منهاج البراعه و کتاب صادر و مأخذ نهج البلاغه در این ارتباط نوشته شده است. 

 ۶ـ اغتنام از فرصت های مقتضی: علامه حسن زاده برای تحقیق، پژوهش و کاوش در آثار و اندیشه های بزرگان از لحظات گوناگون زندگی بهره می گیرد ، یکی از شاگردانش نوشته است یک بار وقتی به درب منزل استاد رفتم، آقازاده درب را گشودند و چون استاد به بیرون منزل تشریف آوردند دیدم قلمی در دست ایشان بود که نشان می داد از هر فرصتی استفاده می نماید، آن روز مصادف با ششمین روز، از ماه مبارک رمضان بود و استاد بادهان روزه و ایام تعطیلی دست از کار تحقیقی نکشیده بود زیرا ذائقه پژوهش تعطیل بردار نمی باشد.

۷ـ توجه به مسایل عینی: از آفات متداول در امر تحقیق این است که آدمی به کتابها اکتفا کند و ارتباطش با موضوع علم قطع گردد یعنی از همان پدیده عینی که محقق قصد دارد آن را بفهمد یا بهتر درک کند، اعراض نماید. روش علامه حسن زاده  آن است که با هر موضوعی که ذهن شان به آن درگیر شده است رابطه ای مستقل از گفته های این و آن و به صورت عینی و ملموس ایجاد کند. در درس های قبله و عیون مسایل نفس، ایشان چنین شیوه ای را پیش گرفته است. استفاده از روش های ریاضی و تئوری بطلمیوسی سماوات با روشنی و روانی اعجاب بر انگیزی برای تعیین قبله از تلاش های عینی علامه حسن زاده است که در عین حال اعتماد به نفس ایشان را نشان می دهد. 

 ۸ ـ گره گشایی از مباحث مشکل فلسفی و عرفانی: علامه حسن زاده در مسیر تألیف و تحقیق به تلاش هایی روی آورده که به نحوی گرهی از مبحثی بگشاید و برای خوانندگان راهگشا باشد، کتاب فصوص الحکم را با توجه به چندین نسخه به دقت تصحیح و مقابله نموده و از آغاز تا انجام مطالب سودمندی در گشودن مشکلات و حل معضلات آن، به رشته نگارش درآورده اند، علامه حسن زاده کتاب تمهید القواعد را نخست در محضر است‌‌ادانی بزرگ چون علامه طباطبایی فرا گرفت و وقتی مشاهده کرد مطالبی غامض در آن وجود دارد با توضیحاتی به صورت حواشی ارزنده، دشواری‌های آن را بر طرف کرد.

۹ـ جلوگیری از تصحیفات و تحریفات: از دیگر محورهای تحقیقی و شیوه های پژوهشی علامه حسن زاده این است که از غلط‌های راه یافته به کتاب‌های معتبر و معروف که موجب مغشوش گردیدن محتوای آنها می باشد جلوگیری کند و رساله تحفه الملوک فی السیر و السلوک از آثار سید مهدی طباطبایی در مسایل عرفانی و اخلاقی و کتاب  کشف المراد فی شرح تجرید الاعتقاد خواجه نصیر طوسی، از علامه حلی  منجمله این آثار است که به دلیل کثرت تداول و فراوانی تعالیق به نحوی تصحیفات و تحریفات بدان روی آورد و ایشان با وسواس علمی به تصحیح آنها پرداخت و نسخه ای صحیح از آن را به عالم دانش و اندیشه عرضه کرد.

۱۰ ـ نسخه شناسی: از مواردی که در عرصه کارهای پژوهشی این شخصیت علمی مطرح است، تسلط بر نسخه های گوناگون آثار معروف در زمینه فلسفه، عرفان و هیأت می باشد، ایشان در کتابخانه های گوناگون، نزد اساتید و نیز کتابخانه شخصی خویش نسخه های مخطوط بسیاری را ملاحظه کرده و آنها را از نظر سبک نگارش، درستی استنساخ، نزدیک بودن به زمان تألیف کتاب اصلی و نیز ارزش تاریخی و علمی مورد بررسی و ارزیابی قرار داده است. ایشان در مصاحبه ای می گوید: کتاب شناسی هم یک فنی است. آدم باید خیلی کتاب ببیند تا آنها را بشناسد نمی دانم به نحوی تعبیر کنم امّا اگر کتابی دستم دهید به اندازه بینش خودم می گویم این کاغذش باید مال چه وقتی باشد، این خط از چه زمانی است و… 

۱۱ـ حوصله و بردباری در کاوش و پژوهش: اگر چه حضرت استاد حسن زاده در تحقیقات خویش، ابتکارات و نوآوری های فراوان دارد امّا نوعی تفحص و جستجو در آثار دیگران در شیوه پژوهشی ایشان قابل مشاهده است او با صبر و حوصله ای شگفت در کتابها و آثار علمای سلف به کاوش می پردازد و پس از غوّاصی در اقیانوس معارف دیگران  مرواریدهای اندیشه و حکمت را صید می نماید، او آگاهی از موضوع مورد بررسی و نیز اطلاع از سابقه پژوهش در موضوع خاص را از این طریق بدست می آورد و هیچ گاه در این مسیر خود را بی حوصله نشان نداده است.

  ۱۲ـ تتبع فراوان، باریک بینی و اتقان: ظرافت و باریک بینی ایشان در اغلب آثارشان بوضوح قابل مشاهده است، نمونه تتبع و اتقان را هم می توان در تصحیح کتاب کلیه و دمنه توسط ایشان مشاهده کرد. کلیله و دمنه ای که به تصحیح و همت علامه حسن زاده چاپ شده، کاملترین کتاب است زیرا نسخه های متعددی را ملاحظه کرده و آنها را تطبیق داده است، صورت صحیح اشعار عربی را استخراج کرده و نام بسیاری از گویندگان عربی را با فحص و تتّبع در دواوین شعرای عرب و متون معتبر ادبی و کتابهای تاریخی و رجال بدست آورده است، موارد تحریف و نواقص کلیله و دمنه چاپی را مشخص نموده اند، درباره امثال عربی توضیح لازم را داده اند، دو باب کلیله و دمنه را که نصر اللّه منشی ترجمه نکرده است، علامه حسن زاده برای نخستین بار به فارسی برگردانیده است.

اساتید ایشان

علامه شعرانی 

 علامه حسن زاده آملی به ارشاد آیه الله حاج شیخ محمد تقی آملی(ره) به محضر مبارک علامه حاج میرزا ابوالحسن شعرانی طهرانی(اعلی الله مقامه) رسیدند و آن بزرگوار چون پدری  مهربان ، سالیانی دراز در کنف عنایتش، هم خویش را به مدت ۱۳ سال به تربیت و تعلیم ایشان مصروف داشتند و از فنونی چند در منقول، معقول، قرائت و تجوید، کتب ریاضی و نجوم و کتب طب دری بروی ایشان گشودند.

آیت ا… رفیعی قزوینی 

 در آن دوران آیت‌الله حاج میرزا ابوالحسن رفیعی قزوینی از قزوین به تهران آمده و در پایتخت اقامت گزید. به راهنمائی استاد شعرانی شاگرد وی به آیت‌الله رفیعی قزوینی معرفی شد و حدود ۵ سال زیر نظر وی به تحصیل علوم عقلی و نقلی و عرفانی مشغول گشت و به «فاضل آملی» از زبان او وصف می‌شد.

مهدی الهی قمشه‌ای

 حکمت منظومه سبزواری و مبحث نفس اسفار و حدود نصف شرح خواجه بر اشارات شیخ رئیس را تلمذ نمود و نیز در مجلس تفسیر قرآن استاد شرکت جست که همهٔ درسها بیش از ده سال در بیت الهی قمشه‌ای برگزار می‌شد.

علامه طباطبائی 

 به مدت ۱۷ سال نزد علامه طباطبائی تحصیل کرده و کتابهای زیر را خواند:

«تمهید القواعد» صائن الدین علی بن ترکه، که شرحی است بر «قواعد التوحید» ابن حامد ترکه / کتاب برهان منطق / شفاء شیخ رئیس/جلد نهم اسفار ملا صدرا/کتاب توحید بحار مجلسی/جلد سوم بحار در مورد معاد و مطالب دیگر.

همچنین زیر نظر علامه طباطبائی  تحقیق در مورد شعب علم، بحث از واجب تعالی و صفات او، تفسیر آیات قرآنی و تنقیب در عقاید جعفری را دنبال نمود.

محمد حسن الهی طباطبائی 

 حاج سید محمد حسن الهی طباطبائی تبریزی – برادر حاج سید محمد حسین طباطبائی تبریزی – از اساتید دیگر وی در فنون علوم غریبه اوفاق، جفر، رمل علم حروف، علم عدد و زُبُر و بیّنات و دیگر شعب ارثماطیقی بود.

حاج سید مهدی قاضی تبریزی

 ایشان فرزند آقاسیدعلی قاضی بزرگ هستند . به مدت چهار سال یا بیشتر علوم ارثماطیقی را در حضور آیت‌الله حاج سید علی قاضی تبریزی فرا گرفت.ایشان استاد علم اعداد و جفر حضرت علامه حسن زاده آملی هستند.

مدتی در تهران نیز در درس خارج آیت‌الله محمد تقی آملی شرکت کرد. همچنین در تهران در دروس محمد حسین فاضل تونی و آیت‌الله حاج میرزا احمد آشتیانی نیز شرکت و نزد حاج شیخ علی محمد جولستانی نیز شاگردی نمود.

تدریس

برخی از دروسی که آیت‌الله حسن‌زاده آملی تدریس نموده است،به شرح ذیل می‌باشد:

-چهار دوره اشارات با شرح خواجه /-مصباح الانس به مدت هشت سال در حوزهٔ علمیهٔ قم برای حجت‌الاسلام سمندری نجف‌آبادی و دکتر امامی نجف‌آبادی و دوره دوم تدریس آن که در سال ۱۳۷۰ آغاز و به دلیل کسالت وی در سال ۱۳۷۱ تعطیل شد /شرح فصوص الحکم قیصری چهار دوره که برای شاگردان املاء می فرمود و آنان می نوشتند/یک دوره کامل شفا شیخ رئیس که در ضمن تدریس از روی چندین نسخهٔ تصحیح شده و تعلیقات و حواشی نمود /چهار دوره تمهید القواعد در حوزهٔ علمیهٔ قم که هر دوره‌ حدود چهار سال به طول انجامید /«اُکَر مانالاؤس» که مدت سه سال در حوزهٔ علمیهٔ قم بطول انجامید /دو کتاب «اُکَر ثاوذوسیوس و مساکن» به تحریر خواجه طوسی /اصول اقلیدس /دروس هیئت و دیگر رشته‌های ریاضی 

تدریس همراه تحصیل

در مدت اقامت در تهران در طی سیزده سال یا بیشتر همراه با اشتغال به تحصیل علوم به تدریس در مدارس حوزوی نیز اشتغال داشت و کتاب‌های ذیل را تدریس نمود:

معالم الاصول / مطوّل تفتازانی /کشف المراد فی شرح تجرید الاعتقاد در علم کلام که اینک به طبع رسیده است. /قوانین در اصول /شرح محقق طوسی بر اشارات شیخ رئیس در حکمت مشائیّه /شرح لمعه در فقه /ارث جواهر در فقه /لئالی منتظمه /جوهر نضید /حاشیه ملا عبدالله /شرح شمسیه (چهار کتاب اخیر در علم منطق است)/هیئت فارسی در قوشچی /شرح چغمینی /تشریح الافلاک شیخ بهایی /اصول اقلیدس /زیج بهادری (پنج کتاب فوق در ریاضیات است)/هیئت /حساب /هندسه

تألیفات و تصحیحات

آثار عرفانی و اخلاقی

لقاء الله/وحدت از دیدگاه عارف و حکیم/انه الحق/ولایت تکوینی/عرفان و حکمت متعالیه/الهی نامه متن الهی نامه/انسان در عرف عرفان/کلمه علیا در توقیفیت اسماء/اصول و امّهات حکمی و عرفانی/تصحیح رساله مکاتبات/تصحیح و تعلیق تمهید القواعد/تصحیح . تعلیق شرح فصوص قیصری/تصحیح و تحشیه رساله تحفه الملوک فی السیر و السلوک/مفاتیح المخازن/شرح فصوص الحکم/مشکاه القدس علی مصباح الأنس/شرح طایفه‌ای از اشعار و غزلیات حافظ/نور علی نور در ذکر و ذاکر و مذکور/باب رحمت/نامه‌ها برنامه ها/قرآن و عرفان و برهان از هم جدایی ندارند

آثار فلسفی و منطقی

اتحاد عاقل به معقول/نصوص الحکم بر فصوص الحکم/رساله جعل/صد کلمه/تصحیح اسفار اربعه/تصحیح و تعلیق کتاب نفس شفاء/رساله‌ای در تضاد/رساله‌ای در اثبات عالم مثال/رساله‌ای در حرکت جوهری/ممدّ الهِمَم فی شرح فصوص الحِکَم/رساله نفس الأمر/نهج الولایه/درر القلائد علی غررِ الفَرائد/النور المتَجَلّی فی الظّهور الظِّلّی/مفاتیح الاَسرار لسلّاک الأسفار/سرح العیون فی شرح العیون/گشتی در حرکت/الحجج البالغه علی تجرد النفس الناطقه/گنجینه گوهر روان/رساله‌ای در اثبات عالم مثال‌رساله  مُثُل/تصحیح و تعلیق شرح اشارات/ترجمه و شرح سه نمط آخر اشارات/تصحیح و تعلیق شفا/ترجمه و تعلیقِ الجمع بین الرَّأیَین/رساله اعتقادات/الأصول الحکمیّه/رساله رؤیا/من کیستم/رساله فی التضاد/دروس معرفت نفس/نثر الدراری علی نظم اللئالی

آثار فقهی

رساله‌ای در مسائل متفرقه فقهی/تعلیقات علی العروه الوثقی فی الفقه/وجیزه‌ای در مناسک حج

آثار تفسیری

تصحیح خلاصه المنهج/انسان و قرآن

آثار کلامی

خیر الأثر در رد جبر و قدر/تقدیم و تصحیح و تعلیق رساله قضا و قدر محمد دهدار/لیلهالقدر و فاطمه علیها السلام/رساله فی الإمامه/رساله‌ای در کسب کلامی/فصل الخطاب فی عدم تحریف کتاب ربّ الأرباب/رساله حول الرؤیا

آثار روایی

تصحیح نهج البلاغه/تصحیح سه کتاب (ابی الجعد ، نثر اللئالی ، طب الأئمّه)/تکمله منهاج البراعه/مصادر و مأاخذ نهج البلاغه/انسان کامل از دیدگاه نهج الیلاغه/شرح چهل حدیث در معرفت نفس/رساله‌ای در اربعین

آثار ریاضی و هیوی

دروس معرفه الوقت و القبله/رساله کلّ فی فلک یسبحون/رساله‌ای در تناهی ابعاد/تصحیح کتاب الإستیعاب فی صنعه الأصطرلاب للبیرونی/تعیین سمت قبله مدینه/الصحیفه العسجدیّه فی آلاتٍ رصدیّه/الکوکب الدرّی فی مطلع التّاریخ الهجری/رساله سی فصل/تعلیق تحفه الأجِلَّه فی معرفه القبله/رساله قطب نما و قبله نما/تعلیقه بر رساله مولا مظفر/رساله میل کلّی/رساله ظِلّ/رساله تکسیر دایره/تصحیح کتاب المناظر فی کیفیّه الابصار/رساله‌ای در اختلاف منظر و انکسار نور/رساله فی تعیین البُعد بین المرکزین و الأوج/رساله فی الصّبح و الشّفق/رساله‌ای پیرامون فنون ریاضی/رساله‌ای در مطالب ریاضی/دروس هیأت و دیگر رشته‌های ریاضی/تصحیح و تعلیق شرح جغمینی/تصحیح و تعلیق تحریر اصول اقلیدس/تصحیح و تعلیق اُکَرِ مانالاؤس/تصحیح و تعلیق تحریر اُکَرِ ثاوذوسیوس/شرح زیج بهادری/تصحیح و تعلیق شرح بیرجندی بر زیج الغ بیک/تصحیح و تعلیق شرح بیرجندی بربیست باب/تصحیح و تعلیق تحریر مجسطی/استخراج جداول تقویم/تصحیح و تعلیق الدّرّ المَکنون و الجوهر المَصون/دروس معرفت اوفاق/شرح قصیده کُنوز الأسماء

آثار ادبی

تقدیم و تصحیح و تعلیق نصاب الصِّبیان/تصحیح کلیله و دمنه/تصحیح و اعراب اصول کافی/دیوان اشعار/قصیده یَنبوع الحیاه/مصادر اشعار دیوان منصوب به امیر المؤمنین/تعلیقه بر باب توحید حدیقه الحقیقه/تصحیح گلستان سعدی/تعلیقه بر قسمت معانی مطوَّل/امثال طبری